1984年3月28日，当罗伯特·伊塞（Robert Irsay）将NFL著名的球队从巴尔的摩（Baltimore）迁移到热情的中西部中心印第安纳波利斯（Indianapolis）时，一支专业的橄榄球队——印第安纳波利斯小马队诞生了。
此球队的历史要追溯到1946年12月28日，当全美橄榄球联合会的一支银绿颜色的迈阿密海鹰队破产时，鲍勃·罗登博格（Bob Rodenberg）购买了这支球队并将它安置在巴尔的摩。然而，为了反映巴尔的摩养殖赛马的著名历史，很多球迷投票选择“小马”做队名。于是，“小马”便成了球队的新名字。
但在1951年，由于小马队面临经济危机，NFL将其解散。1953年，当NFL将一支被卡罗尔·罗森布鲁姆（Carroll Rosenbloom）拥有的球队从达拉斯迁移到巴尔的摩时，小马队再次诞生，不过保留着原达拉斯队的蓝白颜色。
巴尔的摩小马队曾获得三次NFL冠军和第五届超级碗。
小马队搬迁到印第安纳波利斯后，连续三次获得美联南部分区冠军。2007年2月，小马队终于再次捧起了超级碗。
自1972年起，小马队一直被罗伯特·伊塞所有，球队如今值5.47亿美元。